Il coro, costruito nel 1474, costituisce un altro elemento importante dell’abside. 

Dono del cardinale narnese Berardo Eroli, in parte rappresenta un elemento di disturbo alla grandiosità dell’ambiente ma, nel suo insieme, costituisce un’opera degna di attenzione per la finezza dell’intarsio che si presenta come un merletto delicato. 

Degni di rilievo sono i pannelli terminali, scolpiti con le figure dell’Angelo Gabriele e della Madonna per rappresentare l’Annunciazione. La loro perfezione li fa attribuire al Vecchietta che in quegli anni scolpì la statua di Sant’ Antonio abate, su cui ci soffermeremo più avanti, e il san Bernardino che ora si trova al Bargello di Firenze.

La tela dell’abside rappresenta la gloria di san Giovenale ed è attribuita a Girolamo Troppa, pittore nato a Rocchette in Sabina nel 1636.